Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa có thể được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Trường hợp đồng thời đủ điều kiện hưởng một chính sách miễn, giảm thuế khác, doanh nghiệp được lựa chọn phương án có lợi nhất. Tuy nhiên, quyền lựa chọn không đồng nghĩa doanh nghiệp được thay đổi chính sách tùy từng năm. Phương án đã lựa chọn phải được thực hiện ổn định trong thời gian miễn, giảm thuế. Vì vậy, việc đánh giá ưu đãi thuế thay thế cho doanh nghiệp FDI cần dựa trên thời điểm thành lập, quy mô, nguồn thu nhập và các ưu đãi đầu tư hiện có. Hãy cùng xem qua bài viết tham khảo sau đây.
Căn cứ pháp lý về ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp FDI
Các quy định và văn bản hướng dẫn liên quan đến chính sách này gồm:
- Nghị quyết 198/2025/QH15 ngày 17/5/2025 của Quốc hội về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân.
- Nghị định 20/2026/NĐ-CP ngày 15/1/2026 của Chính phủ hướng dẫn Nghị quyết 198/2025/QH15.
- Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa 2017.
- Nghị định 80/2021/NĐ-CP quy định tiêu chí xác định doanh nghiệp nhỏ và vừa.
- Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, số 67/2025/QH15.
- Công văn 3896/CT-CS ngày 11/6/2026 của Cục Thuế.
- Công văn 11277/DON-QLDN1 của Thuế thành phố Đồng Nai về chính sách ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp FDI.
Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày được Quốc hội thông qua, tức ngày 17/5/2025. Nghị định 20/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 15/1/2026 và quy định chi tiết việc miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu.
Doanh nghiệp FDI có thuộc đối tượng được miễn thuế TNDN 3 năm không?
Một vấn đề từng phát sinh trong thực tiễn là Nghị quyết 198/2025/QH15 đề cập chính sách phát triển kinh tế tư nhân. Vì vậy, một số doanh nghiệp đặt câu hỏi liệu doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài có được áp dụng chính sách hay không.
Công văn 3896/CT-CS của Cục Thuế đã xác định: doanh nghiệp FDI được thành lập và đăng ký hoạt động theo pháp luật Việt Nam vẫn có thể được miễn thuế TNDN 3 năm nếu đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa, được cấp đăng ký doanh nghiệp lần đầu và không thuộc trường hợp bị loại trừ.
Công văn 11277/DON-QLDN1 của Thuế thành phố Đồng Nai tiếp tục áp dụng hướng dẫn này đối với một doanh nghiệp FDI cụ thể. Theo đó, doanh nghiệp được lựa chọn chính sách miễn, giảm thuế có lợi nhất khi đồng thời đáp ứng nhiều chế độ ưu đãi.
Như vậy, yếu tố vốn đầu tư nước ngoài không tự động làm doanh nghiệp mất quyền hưởng chính sách. Vấn đề quyết định là doanh nghiệp có đáp ứng đầy đủ tiêu chí về quy mô, thời điểm đăng ký và nguồn thu nhập được ưu đãi hay không.
Điều kiện hưởng miễn thuế TNDN 3 năm đối với doanh nghiệp FDI
Doanh nghiệp được cấp đăng ký kinh doanh lần đầu
Chính sách áp dụng đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu. Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Nếu doanh nghiệp được cấp đăng ký trước ngày 17/5/2025 nhưng vẫn còn thời gian trong giai đoạn ưu đãi 3 năm, doanh nghiệp có thể hưởng chính sách cho thời gian còn lại. Điều này không có nghĩa toàn bộ doanh nghiệp thành lập trước ngày 17/5/2025 đều được bắt đầu lại một chu kỳ miễn thuế mới.
Ví dụ, doanh nghiệp được cấp đăng ký lần đầu trong năm 2024 phải xác định thời gian đã trôi qua kể từ năm cấp đăng ký. Doanh nghiệp không được mặc nhiên tính 3 năm mới từ thời điểm Nghị định 20/2026/NĐ-CP được ban hành.
Đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa
Việc xác định quy mô doanh nghiệp được thực hiện theo Nghị định 80/2021/NĐ-CP. Doanh nghiệp phải đồng thời đáp ứng tiêu chí về số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm và một trong hai tiêu chí về doanh thu hoặc tổng nguồn vốn.
| Nhóm doanh nghiệp | Nông nghiệp, công nghiệp và xây dựng | Thương mại và dịch vụ |
| Siêu nhỏ | Không quá 10 lao động; doanh thu không quá 3 tỷ đồng hoặc vốn không quá 3 tỷ đồng | Không quá 10 lao động; doanh thu không quá 10 tỷ đồng hoặc vốn không quá 3 tỷ đồng |
| Nhỏ | Không quá 100 lao động; doanh thu không quá 50 tỷ đồng hoặc vốn không quá 20 tỷ đồng | Không quá 50 lao động; doanh thu không quá 100 tỷ đồng hoặc vốn không quá 50 tỷ đồng |
| Vừa | Không quá 200 lao động; doanh thu không quá 200 tỷ đồng hoặc vốn không quá 100 tỷ đồng | Không quá 100 lao động; doanh thu không quá 300 tỷ đồng hoặc vốn không quá 100 tỷ đồng |
Lĩnh vực hoạt động được xác định theo ngành, nghề kinh doanh chính. Phương pháp xác định lao động, tổng doanh thu và tổng nguồn vốn phải được thực hiện theo các quy định tương ứng của Nghị định 80/2021/NĐ-CP. Doanh nghiệp FDI không nên chỉ căn cứ vào vốn điều lệ ghi trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Quy mô doanh nghiệp phải được kiểm tra trên cơ sở báo cáo tài chính, doanh thu, nguồn vốn và dữ liệu lao động tham gia bảo hiểm xã hội.
Không thuộc trường hợp bị loại trừ
Chính sách miễn thuế TNDN 3 năm không áp dụng đối với doanh nghiệp thành lập mới do:
- Sáp nhập, hợp nhất, chia hoặc tách doanh nghiệp.
- Chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
- Thành lập mới nhưng người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có vốn góp cao nhất đã giữ vai trò tương tự tại doanh nghiệp đang hoạt động.
- Thành lập trong thời hạn chưa đủ 12 tháng kể từ ngày doanh nghiệp cũ có liên quan hoàn tất giải thể.
Ngoại lệ được đặt ra đối với trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn cần xem xét cơ cấu sở hữu thực tế và vai trò của người có phần vốn góp cao nhất. Các giới hạn này nhằm ngăn ngừa việc tái cấu trúc hoặc thành lập pháp nhân mới chỉ để bắt đầu lại thời gian miễn thuế. Một doanh nghiệp có mã số mới chưa chắc được coi là doanh nghiệp đăng ký kinh doanh lần đầu theo chính sách ưu đãi.
Thu nhập phải thuộc phạm vi được ưu đãi
Không phải mọi khoản thu nhập của doanh nghiệp đủ điều kiện đều được miễn thuế. Khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 loại trừ một số nhóm thu nhập, gồm:
- Thu nhập từ chuyển nhượng vốn và quyền góp vốn.
- Thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, trừ trường hợp pháp luật quy định khác.
- Thu nhập từ chuyển nhượng dự án hoặc quyền tham gia dự án đầu tư.
- Thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ngoài Việt Nam.
- Thu nhập từ tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí, tài nguyên quý hiếm và khoáng sản.
- Thu nhập từ trò chơi điện tử trên mạng.
- Một số hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt.
Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 cũng yêu cầu doanh nghiệp hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được ưu đãi và hoạt động không được ưu đãi. Trường hợp không hạch toán riêng được, phần thu nhập ưu đãi phải được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí theo quy định.
Doanh nghiệp FDI nên lựa chọn chính sách ưu đãi nào?
Miễn thuế TNDN trong 3 năm không phải lúc nào cũng là phương án có giá trị lớn nhất. Doanh nghiệp cần so sánh với ưu đãi đang được hưởng theo ngành, nghề, địa bàn hoặc dự án đầu tư.
Rà soát toàn bộ ưu đãi đang áp dụng
Doanh nghiệp cần xác định rõ:
- Thuế suất ưu đãi hiện tại.
- Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi.
- Số năm miễn thuế và giảm 50% số thuế phải nộp.
- Thời điểm bắt đầu tính ưu đãi.
- Phần thu nhập hoặc dự án được hưởng ưu đãi.
- Thời gian ưu đãi còn lại.
Một doanh nghiệp đang được miễn thuế theo dự án đầu tư có thể không nhận thêm lợi ích nếu chuyển sang chính sách miễn 3 năm dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa. Ngược lại, doanh nghiệp chưa có ưu đãi theo ngành hoặc địa bàn có thể tiết kiệm đáng kể trong giai đoạn đầu hoạt động.
So sánh theo dòng tiền thuế dự kiến
Việc lựa chọn nên dựa trên lợi nhuận dự kiến của từng năm, không chỉ so sánh số năm miễn thuế trên văn bản. Chính sách miễn 3 năm theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP được tính từ năm cấp đăng ký doanh nghiệp. Nếu doanh nghiệp chưa có lợi nhuận trong những năm đầu, một phần thời gian miễn thuế có thể trôi qua mà không tạo ra lợi ích thực tế.
Trong khi đó, một chính sách ưu đãi khác có thể bắt đầu từ thời điểm phát sinh thu nhập chịu thuế hoặc theo mốc thời gian riêng. Phương án có thời gian miễn ngắn hơn vẫn có thể có lợi hơn nếu bắt đầu đúng giai đoạn doanh nghiệp phát sinh lợi nhuận lớn.
Xử lý kỳ tính thuế đầu tiên dưới 12 tháng
Nếu kỳ tính thuế đầu tiên có thời gian hoạt động được miễn thuế dưới 12 tháng, doanh nghiệp được lựa chọn:
- Hưởng ưu đãi ngay trong kỳ tính thuế đầu tiên; hoặc
- Đăng ký với cơ quan thuế để bắt đầu hưởng từ kỳ tính thuế tiếp theo.
Quyền lựa chọn này giúp doanh nghiệp tránh sử dụng một năm ưu đãi cho giai đoạn hoạt động quá ngắn. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần hoàn thành việc đăng ký và lưu hồ sơ chứng minh phương án đã lựa chọn.
Lưu ý nguyên tắc không thay đổi giữa kỳ
Sau khi lựa chọn chế độ miễn, giảm thuế có lợi nhất, doanh nghiệp phải thực hiện ổn định trong thời gian ưu đãi. Doanh nghiệp không được áp dụng miễn 3 năm trong năm có lợi nhuận cao rồi chuyển sang ưu đãi đầu tư trong năm tiếp theo.
Vì vậy, quyết định lựa chọn cần được lập thành hồ sơ nội bộ. Doanh nghiệp nên kèm theo bảng tính so sánh, căn cứ pháp lý, dự báo lợi nhuận và ý kiến của bộ phận thuế hoặc đơn vị tư vấn.
Hồ sơ doanh nghiệp FDI nên chuẩn bị
Để chứng minh điều kiện hưởng ưu đãi thuế thay thế cho doanh nghiệp FDI, doanh nghiệp nên chuẩn bị tối thiểu các tài liệu sau:
- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu và các lần thay đổi.
- Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và quyết định chấp thuận dự án, nếu có.
- Điều lệ, danh sách thành viên hoặc cổ đông và hồ sơ góp vốn.
- Thông tin về người đại diện theo pháp luật và người có vốn góp cao nhất.
- Báo cáo tài chính, sổ kế toán và tài liệu xác định tổng nguồn vốn.
- Bảng doanh thu theo từng hoạt động và từng dự án.
- Danh sách lao động, dữ liệu tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm.
- Hồ sơ xác định ngành, nghề kinh doanh chính.
- Bảng tính thu nhập được ưu đãi và thu nhập không được ưu đãi.
- Bản phân tích, so sánh các phương án miễn, giảm thuế.
Đối với doanh nghiệp có nhiều dự án hoặc nhiều nguồn thu, việc hạch toán riêng cần được thiết lập ngay từ đầu. Nếu dữ liệu kế toán không thể hiện rõ nguồn thu nhập, rủi ro bị điều chỉnh ưu đãi khi thanh tra hoặc kiểm tra thuế sẽ tăng lên.
Những rủi ro thường gặp khi áp dụng ưu đãi
Xác định sai quy mô doanh nghiệp
Sai sót phổ biến là doanh nghiệp chỉ kiểm tra doanh thu nhưng bỏ qua số lao động tham gia bảo hiểm xã hội. Một số trường hợp lại sử dụng vốn điều lệ thay cho tổng nguồn vốn trên báo cáo tài chính. Doanh nghiệp chỉ được xem là nhỏ và vừa khi đáp ứng đúng tổ hợp tiêu chí theo lĩnh vực hoạt động.
Nhầm doanh nghiệp mới với đăng ký kinh doanh lần đầu
Pháp nhân được hình thành sau chuyển đổi loại hình, chia, tách hoặc thay đổi chủ sở hữu có thể có đăng ký doanh nghiệp mới. Tuy nhiên, pháp nhân đó vẫn có thể thuộc nhóm bị loại khỏi chính sách. Doanh nghiệp cần kiểm tra lịch sử pháp lý của nhà đầu tư, người đại diện và người có tỷ lệ vốn góp lớn nhất.
Áp dụng ưu đãi cho toàn bộ thu nhập
Thu nhập từ chuyển nhượng vốn, bất động sản hoặc hoạt động ở nước ngoài có thể không thuộc phạm vi miễn thuế. Nếu doanh nghiệp không hạch toán riêng, số thuế bị truy thu có thể kèm theo tiền chậm nộp và xử phạt. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp quy định cơ quan có thẩm quyền được truy thu và xử lý vi phạm nếu doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện ưu đãi.
Thay đổi phương án trong thời gian ưu đãi
Doanh nghiệp có thể muốn thay đổi chính sách khi lợi nhuận thực tế khác dự báo. Tuy nhiên, Nghị định 20/2026/NĐ-CP yêu cầu áp dụng ổn định phương án đã lựa chọn. Vì vậy, việc đánh giá cần thực hiện cho toàn bộ thời gian miễn, giảm thuế, thay vì chỉ tính số thuế của một năm.
Chính sách miễn thuế TNDN 3 năm mở ra thêm một phương án ưu đãi thuế thay thế cho doanh nghiệp FDI có quy mô nhỏ và vừa tại Việt Nam. Hướng dẫn của Cục Thuế và Thuế thành phố Đồng Nai cho thấy doanh nghiệp FDI không bị loại chỉ vì có vốn đầu tư nước ngoài.
Tuy nhiên, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ điều kiện, xác định đúng thu nhập được miễn và lựa chọn ổn định một chính sách có lợi nhất. Trước khi kê khai, doanh nghiệp nên thực hiện phân tích pháp lý và tài chính cho toàn bộ thời gian ưu đãi.
GV Lawyers sẵn sàng đồng hành cùng doanh nghiệp FDI trong việc rà soát chính sách, lựa chọn phương án phù hợp và xây dựng hồ sơ tuân thủ nhằm hạn chế rủi ro trong quá trình thanh tra.
