Việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) luôn là một vấn đề được cộng đồng doanh nghiệp quan tâm, đặc biệt với những doanh nghiệp đầu tư quy mô lớn, dự án dài hạn. Trong thời gian gần đây, Công văn số 2804/HYE-QLDN3 năm 2025 đã làm rõ nguyên tắc hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư khi doanh nghiệp chuyển thành doanh nghiệp chế xuất. Bài viết tham khảo dưới đây, GV Lawyers sẽ tổng hợp và phân tích chi tiết quy định mới nhất, giúp doanh nghiệp hiểu rõ quyền lợi và nghĩa vụ của mình.
Bối cảnh pháp lý của quy định hoàn thuế GTGT
Theo quy định của Luật Thuế GTGT năm 2024, Nghị định 181/2025/NĐ-CP năm 2025, việc hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư được xác định dựa trên mục đích, tình trạng pháp lý của dự án và loại hình doanh nghiệp.
Khi doanh nghiệp đang triển khai dự án đầu tư và có số thuế GTGT đầu vào lớn, pháp luật cho phép hoàn thuế nếu đủ điều kiện. Tuy nhiên, khi doanh nghiệp chuyển đổi mô hình sang doanh nghiệp chế xuất, chính sách thuế sẽ thay đổi đáng kể.
Doanh nghiệp chế xuất và quy định về khai, nộp thuế GTGT
Căn cứ Điểm c khoản 3 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, được bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Nghị định 91/2022/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất (DNCX) chỉ có hoạt động xuất khẩu thì không phải nộp hồ sơ khai thuế GTGT.
Điều này xuất phát từ bản chất hoạt động của DNCX: họ không tiêu thụ hàng hóa, dịch vụ tại thị trường nội địa mà chỉ thực hiện xuất khẩu ra nước ngoài, nên không phát sinh thuế GTGT đầu ra. Do đó, DNCX không phải là đối tượng nộp thuế GTGT theo thông lệ quốc tế và quy định trong nước.
Căn cứ pháp lý về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
Theo khoản 1 Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nếu có dự án đầu tư đang trong giai đoạn triển khai, có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.
Tuy nhiên, điều kiện tiên quyết là cơ sở kinh doanh đó phải là người nộp thuế GTGT. Khi doanh nghiệp đã chuyển đổi sang mô hình DNCX, doanh nghiệp không còn là đối tượng nộp thuế GTGT, nên dự án đầu tư không còn đủ điều kiện được hoàn thuế theo quy định này.
Cụ thể, Công văn 2804 đã nhấn mạnh:
“Trường hợp doanh nghiệp đã chuyển thành doanh nghiệp chế xuất thì dự án đầu tư của doanh nghiệp không thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT. Số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho giai đoạn đầu tư phát sinh trước thời điểm chuyển đổi sẽ không được hoàn.”
Lý do có thể không được hoàn thuế sau khi chuyển thành DNCX
Lý do chính nằm ở bản chất pháp lý của DNCX. Khi chuyển đổi, doanh nghiệp trở thành khu vực phi thuế quan, chịu sự quản lý riêng biệt về hải quan, không chịu thuế GTGT trong hoạt động mua bán hàng hóa, dịch vụ với nước ngoài.
Các khoản thuế GTGT đầu vào phát sinh trước đó, dù phục vụ dự án đầu tư, không còn đủ điều kiện để được hoàn vì không còn mối quan hệ thuế GTGT giữa người nộp thuế và cơ quan thuế.
Hơn nữa, theo khoản 1 Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, điều kiện hoàn thuế yêu cầu cơ sở kinh doanh phải:
- Nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ;
- Có sổ sách kế toán, chứng từ hợp lệ;
- Có tài khoản ngân hàng theo mã số thuế doanh nghiệp.
Khi doanh nghiệp đã chuyển sang mô hình DNCX, các điều kiện này không còn được áp dụng đầy đủ.
Quy định chuyển tiếp đối với dự án đầu tư trước ngày 1/7/2025
Theo khoản 1 Điều 39 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, đối với các dự án đầu tư đã triển khai trước ngày 1/7/2025 mà vẫn đang trong giai đoạn đầu tư khi nghị định có hiệu lực, doanh nghiệp vẫn được áp dụng quy định hoàn thuế tại Điều 30 của nghị định.
Tuy nhiên, điều khoản này chỉ áp dụng nếu doanh nghiệp chưa chuyển đổi mô hình. Trường hợp đã hoàn tất thủ tục chuyển đổi sang doanh nghiệp chế xuất trước thời điểm đó, quyền hoàn thuế sẽ chấm dứt kể từ ngày quyết định chuyển đổi có hiệu lực.
Quy định hiện hành về hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư
Căn cứ khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT 2024, quy trình hoàn thuế cho dự án đầu tư vẫn được duy trì, bao gồm hai nhóm chính:
(1) Được hoàn thuế
Doanh nghiệp được hoàn thuế nếu:
- Có dự án đầu tư mới hoặc mở rộng;
- Dự án đang trong giai đoạn đầu tư;
- Có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau khi bù trừ thuế GTGT phải nộp;
- Nộp hồ sơ hoàn thuế đúng thời hạn (trong 01 năm kể từ khi dự án hoặc giai đoạn đầu tư hoàn thành).
(2) Không được hoàn thuế, chỉ được kết chuyển
Trường hợp không được hoàn thuế, chỉ được kết chuyển sang kỳ sau, bao gồm:
- Dự án không góp đủ vốn điều lệ;
- Dự án kinh doanh ngành nghề có điều kiện nhưng chưa đủ điều kiện hoạt động;
- Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản (trừ dầu khí);
- Hoặc dự án đã chuyển đổi mô hình sang DNCX.
Ảnh hưởng của quy định mới đối với doanh nghiệp
Việc không được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư khi doanh nghiệp chuyển thành doanh nghiệp chế xuất khiến nhiều doanh nghiệp cần tính toán kỹ lộ trình đầu tư và thời điểm chuyển đổi. Nếu doanh nghiệp chuyển đổi quá sớm trong khi dự án chưa hoàn tất, phần thuế GTGT đầu vào phát sinh trước đó có thể không được hoàn, dẫn đến thiệt hại tài chính đáng kể.
Do đó, các chuyên gia pháp lý khuyến nghị:
- Doanh nghiệp nên hoàn tất thủ tục hoàn thuế GTGT trước khi thực hiện chuyển đổi mô hình;
- Tham khảo ý kiến luật sư thuế tài chính để đảm bảo quyền lợi và tuân thủ quy định.
Giải pháp pháp lý từ văn phòng luật sư GV Lawyers
Với kinh nghiệm tư vấn pháp lý cho hàng trăm dự án FDI, GV Lawyers là một trong những văn phòng luật sư hàng đầu trong lĩnh vực tư vấn thuế, đầu tư và doanh nghiệp chế xuất tại Việt Nam.
Đội ngũ luật sư và chuyên viên thuế tại công ty luật GV Lawyers cam kết đồng hành cùng doanh nghiệp trong mọi giai đoạn đầu tư, đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu lợi ích hợp pháp.
